Původní pavilón infekčního oddělení byl postaven v letech 1939-41 podle projektu Ing. arch. Rozehnala. V roce 1941 mělo oddělení 42 lůžek na čtyřech stanicích rozmístěných do dvou pater. Na oddělení byli hospitalizováni děti i dospělí se všemi infekčními nemocemi. O dětské pacienty pečovali dětští lékaři, dospělým poskytovali péči internisté.
Samostatný primariát infekčního oddělení byl ustaven k 5.5.1955. Prvním primářem infekčního oddělení byl až do konce roku 1982 MUDr. Petr Odehnal. Od 1.1.1983 do 28.2.2009 byla primářkou infekčního oddělení MUDr. Miroslava Malečková. Od 1.3.2009 dosud je primářem infekčního oddělení MUDr. Miloslav Šťastník.
Samostatné lůžkové oddělení ukončilo svoji činnost z důvodu neuzavření smlouvy se zdravotními pojišťovnami k 31.12.2012. Od roku 2013 do roku 2022 pracovníci oddělení poskytovali lůžkovou zdravotní péči v rámci společného interního lůžkového oddělení. Od 1.7.2022 znovu zajišťujeme lůžkovou péči v oboru infekčního lékařství pro dospělé pacienty na samostatném oddělení. Lůžková stanice je umístěna v 1. patře pavilonu chirurgických oborů.