Interní oddělení funguje od založení nemocnice v Novém Městě na Moravě. Otevřeno bylo 15. 1. 1942. Prvním primářem byl MUDr. Miloš Štursa. Po něm se v roce 1950 stal primářem MUDr. František Hendrych, který byl 1961 jmenován profesorem a stal se přednostou II. interní kliniky FN u sv. Anny. Nejdelší dobu byl primářem v letech 1961 až 1988 MUDr. Karel Sutorý CSc. Od roku 1989 do roku 2010 vedl interní oddělení MUDr. Vladimír Drápalík. Od 1. 9. 2010 se stal primářem oddělení MUDr. František Kazda, za jehož působení byla v roce 2008 zahájena stavba pavilonu interních oborů. Poklepání na základní kámen proběhlo 29. července 2008.
V průběhu tří let vyrostla moderní budova s rehabilitačním bazénem. Investorem stavby byl Kraj Vysočina, rekonstrukce pavilonu interních oborů přišla celkem na téměř 432 milionů korun, více než 30 % pokryla dotace z Regionálního operačního programu Jihovýchod. Stavbu provedlo sdružení dodavatelů Unistav, a. s., Hochtief CZ, a. s., Syner Morava, a. s., a PKS INPOS, a. s. Původní budova interních oborů fungovala od roku 1942. Nové budovy vyrostly v místech bývalého kožního oddělení.
Od 1. 4. 2015 do 31 12. 2016 byl primářem MUDr. Igor Máčel. Od 1. 1. 2017 ho ve funkci vystřídal MUDr. Jan Tatíček.