Infekční komplikace implantace endoprotézy můžeme rozdělit do dvou skupin. První skupinou jsou rizika časná po operaci, kam počítáme pooperační infekci, která rozvojem infektu v prvních poperačních dnech a může zasahovat do kůže a podkoží nebo až endoprotéze. V takovémto případě je nutná urgentní operace, a odstraněním hnisu, důkladným vypláchnutím a zavedením proprachové laváže. Bezpodmínečné je podávání antibiotik dle citlivosti. Pokud je zasaženo včas, podaří se většinou zabránit osídlení endoprotézy mikroby a není nutná výměna celé endoprotézy. Infekty kloubu muhou být i dlouho po operaci, kdy dojde k přenosu infekce z ložiska v těle krevní cestou na endoprotézu. Pokud jsou mikroorganismy agresivní, projeví se zarudnutím kloubu, zateplením a přítomností hnisu v kloubu, je postup stejný jako u pooperačního infektu a pokud se zasáhne včas, není třeba výměny celé endoprotézy. U jedinců s oslabenou imunitou (diabetes mellitus, astma… ) může být infekt způsoben neagresivními mikroorganismy (mitingovaný infekt), často přirozeně přítomnými na kůži zdravého jedince, který vede k postupnému uvolnění endoprotézy (septické uvolnění).
V případě septického uvolnění je nutné celou endoprotézu operačně odstranit, nahradit vložkou a léčit infekt antibiotiky. Je třeba si uvědomit, že endoprotéza je pro tělo cizorodým materiálem a v případě infektu dochází k osídlení jejího povrchu bakteriemi a speciálním povlakem, ke kterému nemůžou antibiotika a i při jejich správném podávání, mikroorganismy na povrchu přetrvávají a proto je nutné její odstranění. Po zklidnění zánětu je možná implantace nové endoprotézy. U těžkých stavů, kde působením zánětu je velká destukce kosti, není možná zpětné náhrada endoprotézou (replantace) je někdy nutné přistoupit na ztužení kloubu (artrodéze) například u kolene nebo hlezna, nebo nechat část bez kloubu například u kyčle jako tzv. zavěšenou kyčel, kdy se v místě kloubu vytvoří vazivové interpozitum a umožní pacientovi chůzi o berlích. Základní prevencí infekčních komplikací vyléčení infektů v těle pacienta před operací k eliminaci zdroje infektu.
V případě infektů u pacientů s již voperovanou endoprotézou je třeba důsledná léčba infektu antibiotiky. Pokud se pacient s endoprotézou připravuje k operaci, kde hrozí vyplavení mikroorganismů v těle (třeba i jen extrakce zubu), je třeba preventivně zajistit pacienta podáním antibiotik. Je třeba si uvědomit, že infekt endoprotézy je vždy závažný stav, který je velmi složitě léčitelný a vyžaduje dlouhodobé léčení, často i několik operací s nejistým výsledkem.